군사정부는 1962년 11월 민정이양을 위한 헌법개정안을 국가재건최고회의에서 의결한 후, 12월 17일 국민투표를 통해 이를 확정했다.

우리나라 헌정사상 처음으로 국민투표에 회부하였다. 이 헌법은 전문을 비롯하여 내용이 내각제 헌법을 전면적으로 개정하였다는 점에서 실질적으로는 헌법의 제정에 가까웠다.

새 헌법의 주요 내용은 △ 대통령중심제 채택 △ 국회의원 소선거구제 채택 △ 국회의 단원제와 정당국가화에 따른 국회활동 약화 △ 법원에 위헌법률 심사권 부여 △ 헌법개정에 대한 국민투표제 채택 △ 경제과학심의회의, 국가안전보장회의 설치 등이다.

박정희는 최고회의에서 개헌안 확정투표를 앞둔 1962년 12월 6일 새벽 0시를 기해 1년 6개월 만에 경비계엄을 해제하면서 “혁명 후 오늘까지 국가존망의 위기를 만회하며 쌓이고 쌓인 갖가지 적폐를 일소하고 혼란했던 사회질서를 바로잡기 위해 계엄령 시행이 불가피했음은 국민 모두가 이해하고도 남음이 있을 것이다”라고 밝혔다.

국민투표를 거쳐 확정된 개헌안은 1962년 12월 12일 최고회의 제28차 본회의에서 정식으로 선포되었으며, 12월 26일 시민회관에서 공포식이 거행되어 제3공화국의 새 헌법으로 확정되었다.

5ㆍ16쿠데타 이후 금지되었던 정치활동이 1년 7개월 만인 1963년 1월 1일부터 재개되었다.

군사정부는 1962년 12월 31일 군사혁명 포고령 제4호로 되어 있던 정당, 사회단체의 정치활동 금지조항을 폐기하고 ‘집회 및 시위에 관한 법률’을 다시 제정함으로써 정치활동 재개의 길을 터놓았다.

이로써 정쟁법에 의해 묶여 있는 핵심적인 구정치인들을 제외하고는 누구든지 정치활동을 전개할 수 있게 되었다. 여권의 공화당 사전조직에 이어 야권도 여기에 맞서는 정당을 창당할 목표로 서서히 활동에 나섰다.

윤보선ㆍ김도연 등이 범야당 결성에 원칙적인 합의를 보고, 김병로, 이인, 전진한 등도 여기에 적극적으로 호응했다. 한편 최고회의는 정치활동 재개와 더불어 전 민의원의장 곽상훈 등 171명을 1차로 해제했다. 해제된 정치인은 자유당계 76명, 민주당계 31명, 신민당계 38명, 무소속 26명이었다.

일련의 진통 끝에 정치활동이 재개되자 야당연합을 목표로 삼아 창당 작업을 추진 중이던 민정당(民政黨)은 각 정파 사이에 타협이 이루어져 대통령 후보에는 윤보선, 당대표에는 김병로를 각각 옹립하고, 집단지도체제를 채택하기로 결정했다.

민정당은 재야정당으로는 처음으로 63년 5월 14일 서울 시민회관에서 창당대회를 가졌다. 대표최고위원에 김병로, 최고위원에 김도연, 백남훈, 이인, 전진한ㆍ김법린, 서정귀 등을 선임했다. 대통령후보에는 예정대로 윤보선이 선출되었다.

여권에서는 김종필 중앙정보부장이 공화당 사전조직을 도맡았다.

4대 의혹사건 등으로 거액의 정치자금을 조달한 중앙정보부는 5ㆍ16주체세력을 중심으로 “혁명이념의 계승과 민족적 민주주의 구현”을 표방하면서 창당준비를 서둘렀다. 이들은 정치활동이 재개된 1963년 1월 10일, 가칭 재건당이란 명칭 아래 첫 발기대회를 열고, 1월 18일 민주공화당이란 당명으로 김종필을 창당 준비위원장으로 하는 발기선언대회를 열었다.

그런데 군사정부 안에는 김종필 라인과 유원식, 김동하 최고위원 등의 반발세력이 주축이 된 반김 라인이 형성돼 일촉즉발의 대치상태로 발전하고 있었다. 결국 김종필이 4대 의혹사건과 간첩 또는 밀사 황태성의 지침으로 공화당의 창당준비 과정에서 2원화 조직을 도입했다는 비판을 받았고, 그는 모든 공직에서 떠나 제1차 외유길에 올랐다.

공화당은 창당주역 김종필이 반대파에 밀려서 외유길에 오르게 되자, 재야 법조계의 원로 정구영을 총재로 영입하여 창당대회를 갖고 공식 출범했다. 공화당에는 쿠데타 주체들뿐만 아니라 윤치영ㆍ이효상ㆍ박준규ㆍ민관식ㆍ백남억 등 구야권 인사와 학계인사들도 다수 참여했다. 이들은 이후 박정희 정권의 주축이 되었다.