<조용한 외교>가 극에 달한 것은 김대중정부 시절이었다. 1999년 신한일어업협정이 발효되면서 그간 간헐적으로 이뤄지던 민간인의 독도 상륙이 완전히 금지되었다. 2000년 1월 1일 새천년 해돋이 생중계를 위한 방송3사 중계팀은 독도 입도가 금지되어 울릉도에서 해돋이를 중계해야 했다. 부산 아시안대회에선 남북응원단이 한반도기라 부르는 남북단일기를 흔들었는데 북측과 달리 남측에서 제작한 한반도기엔 독도를 표시하지 못하게 하였다. 2002년6월에는 울릉도 어부들이 미역걷이 나가 독도에 배를 대다가 경비대의 발포와 함께 경고방송을 듣고 혼비백산 도주하였다. 그해 한국통신은 일본과의 외교적 마찰을 우려한 정부의 반대로 독도에 기지국을 설치하지 못했고 울릉도에 독도우체통을 설치하는 일도 <조용히> 하라고 정부는 지시하였다. 그러는 동안 2000년부터 5년간 일본 시마네현 의회에선 독도문제가 모두 49건 논의되었다. 영토문제가 17건이었고 어업협정문제가 20여건이었다.


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