동베를린사건이 법적으로 마무리되어가던 시점인 1968년 벽두에 두 건의 대북사건이 동시에 터졌다. ‘국가안보’를 구두선처럼 내세워온 박정희 정권에 큰 구멍이 뚫렸다.
1월 21일 발생한 북한 무장간첩의 '청와대 습격 미수사건'과 이틀 뒤인 1월 23일 발생한 ‘푸에블로호 납북사건‘이 그것이다.

북한군 특수부대인 124군부대 소속 무장공비 31명은 청와대 습격과 정부요인 암살지령을 받고 1월 17일 자정을 기해 휴전선 군사분계선을 넘어 야간을 이용하여 서울에 잠입하였다. 이들은 아무런 제지없이 23일 청와대 인근까지 내려와 세검정고개의 창의문을 통과하려다 비상근무 중이던 경찰의 불심검문으로 정체가 드러나자 수류탄 및 기관단총을 쏘면서 저항하였다.

이에 출동한 군경은 현장에서 29명을 사살하고 1명(김신조)을 생포하였다. 또 동해안에서 임무를 수행 중이던 미 해군의 정보수집 보조함 푸에블로호(906톤급)가 1월 23일 오후 1시 45분 무장한 4척의 북한 초계정과 미그기 2대의 위협 아래 나포되어 원산항으로 강제 납치되었다. 이 배에는 함장을 비롯한 6명의 해군장교와 수병 75명, 민간인 2명 등 총 83명이 승선하고 있었다.

잇따른 대북사건으로 남북, 북미 간에는 군사적 긴장이 고조되었다.

미국은 동해안에 항공모함을 급파하는 한편 유엔안보리 소집을 검토하였으며, 주한미군에 비상계엄령을 내렸다. 27일 여야는 국회의장실에서 시국대책회의를 열고 국회 차원의 대책을 논의했다. 존슨 미국 대통령은 30일 대한 군사원조를 증강시키겠다는 서한을 박정희 대통령 앞으로 보내왔다. 그러면서도 미국은 북한 측과 협상할 뜻을 밝혔다. 국내에서는 북괴만행 규탄대회가 열렸다.

한겨울의 한파에도 불구하고 31일 서울운동장에는 시민, 학생 등 10만여 명이 모여 북괴만행규탄 범시민궐기대회가 열렸다.

이날 서울시청 앞에서는 높이 3m나 되는 김일성 허수아비 화형식이 거행되고, 국회에서는 두 사건에 대한 ‘초당적 논의’를 위해 제63회 임시국회가 열렸다. 그 무렵 베트남에서는 공산군이 사이공 등 7개 성도(省都)에 대한 기습공격을 감행, 베트남 사태가 중대국면을 맞게 되었다.

박정희는 2월 20일 국무회의를 열어 북한의 무력침공에 대비 향토예비군설치법 시행령을 의결했다. 골자는 북한의 전면전에 대비해 향토예비군을 무장시키고 매년 2회(매회 7일 이내) 훈련을 받도록 했다.(향토예비군설치법은 5ㆍ16쿠데타가 나던 61년 12월 27일 공포됨) 문제는 향토예비군 창설을 계기로 정부가 안보 우선주의를 내세워 정국을 긴장상태로 몰아가려는 데에 있었다.

신민당 유진오 총재는 이 점을 지적하고 3월 23일 부산공설운동장에서 열린 시국대회에서 향토예비군 조직과 증과세에 대해 집중적으로 비판했다. 향토예비군설치법 개정문제를 놓고 여야 간에 논란 끝에 공화당은 5월 10일 공화당 단독으로 통과시켰다. 이에 대해 김영삼 신민당 원내총무는 논평을 통해 “국민의 자유와 인권에 영향을 주는 중대 법안을 회기 말에 단독으로 회기를 연장시켜 통과시킨 것은 용납 못할 폭거”라며 “원내외를 통한 무효화 투쟁을 벌이겠다”고 언급했다.

청와대 습격 미수사건과 푸에블로호 피납사건이 동시적으로 발생하자 박정희는 독자적으로 대북보복을 감행하려하고, 미국은 군사지원과 안보공약의 재천명의 약속으로 이를 막았다. 그러나 미국은 한국정부와는 상의없이 북한과 비밀접촉을 통해 푸에블로호사건을 해결하고 말았다. 안보위기 속에서 한미공조는 이루어지지 않았다.

결국 미국은 한국정부와는 협의도 없이 독자적으로 판문점에서 비밀협상을 전개해 1968년 12월 선원들의 귀환에 관한 제반합의에 도달했다.

12월 23일 미국측 대표 우드워드 소장은 푸에블로호가 “수차에 걸쳐 북한의 영해를 침범했으며 북한의 군사 및 국가기밀에 대한 첩보행위를 수행했다”는 내용의 진술서에 서명했다.

서명 2시간 만에 북한측은 선원 전원을 석방해 1년간을 끈 푸에블로호사건은 종결됐다. 그러나 이 사건은 한국정부의 입장에서 보면 한반도에서 일어난 사건이었음에도 불구하고 북ㆍ미 협상과정에서 아무런 영향력을 행사하지 못하는 한계를 보여준 대표적 사례였다.